南通航運職業技術學院自2015年起參加江蘇省注冊入學試點，普高注冊入學專業為集裝箱運輸管理、鋼結構建造技術、工程機械運用與維護，注冊計劃總數130人。普高注冊入學錄取考生在在校待遇、收費、畢業生就業政策以及畢業文憑等均與統一錄取的考生相同。