南通航運職業技術學院以就業為導向，圍繞水上運輸產業鏈設置專業，形成了集造船、用船、管船、航道、港口、物流、機電、汽車、藝術設計等于一體的專業鏈。現設有航海、輪機工程、船舶與海洋工程、交通工程、管理信息、機電、人文藝術等7個系近50個專業，其中航海技術、輪機工程技術、商務英語、船舶工程技術、港口物流設備與自動控制、國際航運業務管理等專業，均為省級品牌或特色專業。