中藥與康復系成立于2016年。現設有中藥學、康復治療技術、中醫康復保健等3個專業；其中中藥學專業是學院重點專業之一，康復治療技術專業是學院特色專業。目前有各專業在讀學生1600余人。擁有一支結構合理、專兼結合、高素質的雙師型教學團隊，現有專任教師40人，其中高級職稱14人，博士1人，碩士研究生19人，“雙師型”教師29人、北京高等學校青年英才計劃2人，北京市職業院校職教名師1人；教學團隊師德高尚、團結協作、愛崗敬業，教學效果良好。

中藥與康復系建有中藥鑒定、中藥調劑、中藥炮制、中藥制劑、模擬藥店、藥用植物、中藥化學、制藥設備、人體解剖、推拿、針灸、作業治療、物理因子治療、運動治療以及中藥標本館、生命科學館等實驗實訓室。同時，與首都醫科大學附屬北京中醫醫院、北京中醫藥大學附屬東直門醫院、中國中醫科學院廣安門醫院、中國中醫科學院望京醫院、民航總醫院、北京老年醫院、北京同仁堂股份有限公司、金象大藥房、北京同仁堂科技發展股份有限公司等多家單位建立長期合作關系，并將其確立為我系的實習實訓基地。

中藥與康復系積極適應市場需求，注重加強專業建設，在教育教學過程中強化學生職業能力和綜合素質培養，逐漸形成了具有自身特色的人才培養模式，為首都經濟社會及醫藥衛生事業發展培養了大批高技能專門人才，受到社會廣泛好評。