藥學(xué)系現(xiàn)設(shè)有高職藥學(xué)、中職藥劑2個專業(yè)。其中藥學(xué)專業(yè)曾獲得教育部、國家衛(wèi)生計生委、國家食品藥品監(jiān)管總局和國家中醫(yī)藥管理局共同確定全國首批健康服務(wù)類示范專業(yè),市級示范專業(yè)，具有悠久的辦學(xué)歷史，其前身是是1929年春創(chuàng)辦的“北平市藥學(xué)講習(xí)所”。

藥學(xué)系現(xiàn)有教職工32人，其中教師28人，教輔人員4人。專任教師中高級職稱9人，中級職稱10人；碩士以上 15人；市級教學(xué)名師1人，市級師德先進個人1人，市級優(yōu)秀青年骨干教師3人。藥學(xué)團隊曾獲得市級優(yōu)秀創(chuàng)新團隊稱號。1項教學(xué)成果獲得北京市優(yōu)秀教學(xué)成果一等獎；1項實訓(xùn)教學(xué)軟件獲國家軟件著作權(quán)；團隊共編寫正式出版教材33冊，獲得市級以上獎勵20項，在核心期刊發(fā)表論文30余篇。藥學(xué)系注重學(xué)生實踐能力培養(yǎng)，校內(nèi)建有藥物制劑、藥品質(zhì)量檢測、藥學(xué)服務(wù)等四個實驗實訓(xùn)中心，基地面積2360平方米，設(shè)備總值約1918萬。同時建立了北大醫(yī)院、友誼醫(yī)院、華潤醫(yī)藥集團、國藥集團等校外實訓(xùn)基地26家。

藥學(xué)系畢業(yè)生平均就業(yè)率為99.9%，平均對口就業(yè)率為99.1%。近3年8名學(xué)生在全國及北京職業(yè)技能競賽中獲得獎勵。未來藥學(xué)系將夯實發(fā)展基礎(chǔ)、深化內(nèi)涵建設(shè)，努力建設(shè)成為我國高技能藥學(xué)人才培養(yǎng)基地。