南京新中醫學研究院是集醫、教、研于一體，針對祖國傳統醫學的開發、研究和推廣臨床最新進展教育的單位。目前下設科研技術部、培訓學院部、信息網絡部、附屬藥廠、器械廠、醫院等機構。中華醫藥科學院南京新中醫學研究院長期開展針刀、撥針、骨減壓技術培訓，新特膏藥、無鉛無丹膏藥培訓，CETTIC職業技能培訓鑒定：經絡調理師中醫針灸推拿按摩培訓課程、健康管理師培訓、正骨整脊養生師培訓、小兒推拿培訓課程、心理咨詢師培訓、康復保健師培訓、公共營養師培訓課程、營養保健師、康復保健師、心理保健師、養生保健師培訓、食療調理師、老人保健師、亞健康調理師、中醫養生美容師、養生經營管理師等培訓課程，特色療法：火療(火龍通經)、五行罐、艾灸療法、拔罐刮痧、古方泄血、臟腑推拿等課程。

中華醫藥科學院、南京新中醫學研究院由《中國針刀醫學概覽》主編、針刀醫學培訓的倡導者和開創者，在南京和北京長期主持針刀醫學培訓的王曉智先生親自負責。由于王曉智先生身體原因,自2008年11月開始，本院由原中華中醫藥學會針刀醫學分會常務副秘書長兼辦公室主任、中國中醫研究院長城醫院對外辦公室主任、中國中醫研究院針刀醫學培訓中心臨床教學部主任王自平擔任院長。本院繼續堅持正確的辦學方針和不斷創新的教學方法，充分發揮長期以來形成的師資力量、辦學條件、教學環境的優勢，以高度的責任感精心組織、嚴格管理、熱情服務，取得了良好的教學效果。本院培訓以其選題準確、實用、辦學效果卓著業已在全國成人醫療教育界享有一定聲譽。