2003年起，學校在“強化基礎、整合臨床”的學科建設方針指導下，以國家生命科學與技術人才培養基地為載體，啟動了臨床學科整合、建設、發展前所未有的大工程。學校以國家重點學科和北京市重點學科為先導，逐漸拓展到所有的臨床學科，啟動并逐步推進臨床專科學院與學系的建設。以學校19所附屬醫院、21所臨床醫學院和10所教學醫院的范圍為主體，跨越醫院的行政范疇，以優勢臨床學科所在醫院的科室為掛靠基礎，整合所有相同的臨床學科科室，形成了體制隸屬于學校，覆蓋所有附屬、教學醫院的學科，又有重點牽頭責任科室的全新學科平臺，實現了臨床學科建設體制的創新。
　　十余年來，學校已經建立了4個臨床專科學院和34個臨床專科學系，并分別于2012年上半年和2018上半年完成了各臨床專科學院（系）的第二屆和第三屆換屆調整工作。目前所有的臨床專科學院（系）均已進入良性建設發展的軌道，構建了臨床學科醫、教、研、防為一體全面發展的穩固平臺。
　　在創造性推進臨床專科學院（系）體制建設的同時，為保證臨床專科學院（系）的有效建設和運行，學校建立了臨床專科學院（系）特殊、規范、有效的管理和運行機制。這些機制使臨床專科學院（系）在學校的學科建設、隊伍建設、教育教學與人才培養、臨床服務和科學研究等方面發揮了巨大的作用，也取得了巨大的成績。 臨床專科學院（系）建設第一階段（平臺搭建階段）的任務已經順利完成，臨床專科學院（系）的建設正進入到一個新階段，在新的建設階段，臨床專科學院（系）將深入貫徹落實黨的十九大精神，按照《首都醫科大學學科建設發展規劃》的部署，以科學發展觀為指導，以轉化醫學理念為主線，以追求學術水平提升為目標，進一步解放思想、轉變觀念、協同創新、有效整合、強化建設、跨越發展，全面提升臨床專科學院（系）范圍內整體學科實力，為建設高水平研究型醫科大學提供強大的學科支持。