日本世界排名前100的大學，排名參考世界大學排名中心、QS世界大學排名等信息，根據四個領域的指標（教育質量、畢業生就業質量、師資力量、科研水平）來對學校進行排名。點擊學校名稱可查看詳細排名信息。

1、東京大學

2、京都大學

3、大阪大學

4、慶應義塾大學

5、名古屋大學

6、東京工業大學

7、早稻田大學

8、北海道大學

9、九州大學

10、筑波大學

11、廣島大學

12、岡山大學

13、神戶大學

14、一橋大學

15、千葉大學

16、中央大學

17、信州大學

18、東京都立大學

19、金澤大學

20、東京醫科齒科大學

21、橫濱市立大學

22、熊本大學

23、新瀉大學

24、東京理科大學

25、大阪市立大學

26、北里大學

27、近代大學

28、長崎大學

29、靜岡大學

30、順天堂大學

31、綜合研究大學院大學

32、日本大學

33、兵庫大學

34、德島大學

35、名城大學

36、立命館大學

37、東京農工大學

38、愛媛大學

39、岐阜大學

40、大阪府立大學

41、山形大學

42、東京女子醫科大學

43、富山大學

44、中央大學

45、鹿兒島大學

46、群馬大學

47、奈良科學技術學院

48、濟濟醫科大學

49、名古屋市立大學

50、東寶大學

51、帝京大學

52、京都府立醫科大學

53、三重大學

54、山口大學

55、山梨大學

56、日本醫科大學

57、東京醫科大學

58、金澤工業大學

59、濟慶大學

60、琉球大學

61、橫濱國立大學

62、長崎應用科學研究所

63、藤田保健大學

64、埼玉醫科大學

65、埼玉大學

66、高知大學

67、佐賀大學

68、弘前大學

69、鳥取大學

70、兵庫醫學院

71、昭和大學

72、福岡大學

73、廣島工業大學

74、宮崎大學

75、久留米大學

76、沖繩科學技術學院

77、關西學院大學

78、島根大學

79、名古屋工業大學

80、電子通信大學

81、日本職業環境衛生大學

82、同志社大學

83、香川大學

84、福島醫科大學

85、滋賀醫科大學

86、京都教育大學

87、札幌醫科大學

88、御茶水大學

89、茨城大學

90、九州工業大學

91、濱松大學醫學院

92、和歌山醫科大學

93、巖手醫科大學

94、福井大學

95、愛知醫科大學

96、巖手大學

97、奈良醫科大學

98、京林大學

99、秋田大學

100、日本高等科學技術研究所