中國科學院大學及各培養單位都有廣泛的國際合作與交流。國科大與哈佛大學、麻省理工大學、東京大學、德國馬普學會、法國國家科研中心等多家著名科教機構建立了密切聯系和合作關系。2010年，與丹麥科技創新部、丹麥高校聯盟共建中丹科教中心項目取得進展，目前還組建了中丹學院，招生碩士和博士研究生；還與美國內布拉斯加大學、瑞典國家高等教育署、荷蘭格羅寧根大學、澳大利亞昆士蘭大學、聯合國教科文衛組織、沙特阿卜杜拉科技大學建立合作關系，學生的專業如有涉及，都有出國深造或參加學術會議的機會。