伊犁職業技術學院設有牧業工程、農業工程、機械電子工程、城鄉建設工程4個系。學院現設有草原、獸醫、畜牧、衛生檢疫、農學、園林、植保、土管、工業電器自動化、農機監理、農業機械化、計算機等共40個專業。主要開辦大專、普通中專、函授大專、本科的學歷教育，常年開辦各類長短期培訓。